當遊戲達到一定進度就可以使用QR掃描。在遊戲選單第2頁可以找到。
任何QR Code都能夠掃描，掃描後有機會得到出現非阿羅拉圖鑑的資料。亦有一些只有這遊戲才能讀取的QR Code，例如圖鑑、瑪機雅娜、QR隊伍等，各有不同效果。
掃描限制
掃描是有使用限制的。遊戲內最多有10次掃描次數，每消耗1個就要2小時回復，所以要回復至上限需要20小時。
掃描後會獲得一定點數(P)，當儲滿100P就可以進行島嶼掃描(後述)。儲滿100P後進行掃描亦不會獲得點數，敬請注意。
一般來說，掃描一次會獲得10P。個別QR Code會提供20P。這類QR Code會有特殊方法入手，例如在街機遊戲「ポケモンガオーレ」的遊戲卡、立體圖鑑「モンコレ」，或者動畫播放時利用電視互動功能取得。
如果每次只取10P的話，要進行第二次島嶼掃描就需要20小時。但每次取得20P就只須消耗5個次數，這樣的話短時間就能做兩次島嶼掃描。
相同的QR Code是可以重複掃描，但有一定條件。連續掃描相同的QR Code當然是無效的。
島嶼掃描
島嶼掃描只有在儲滿100P後才能使用，作用是搜尋身處島嶼的稀有Pokémon。這些Pokémon都不是阿羅拉地區原生的Pokémon，更有一些是過去作品的御三家(初學者用Pokémon)。
可發現的Pokémon是根據日子及玩家身處島嶼而定，出現地點亦是固定的。每次出現會有1小時可以尋找。
發現的Pokémon不會呼喚，故此亦不會出現隱藏特性。大部份都已習得可遺傳技能。
美樂美樂島
| 日子 | Pokémon | 等級 | 技能 | 位置 |
|---|---|---|---|---|
| 星期日 |  火球鼠 | 12 | 二連踢 | 3號道路 |
| 星期一 |  小鋸鱷 | 12 | 金屬爪 | 通海洞穴 |
| 星期二 |  單首龍 | 13 | 惡意追擊 | 十克拉山丘 |
| 星期三 |  噴墨海馬 | 18 | 龍息 | 卡拉蔚灣 |
| 星期四 |  齒輪兒 | 8 | (沒有) | 好奧樂市 |
| 星期五 |  菊草葉 | 10 | 寄生種子 | 2號道路 |
| 星期六 |  燭光靈 | 10 | 溶解液 | 好奧樂墓園 |
阿卡拉島
| 日子 | Pokémon | 等級 | 技能 | 位置 |
|---|---|---|---|---|
| 星期日 |  哥德小童 | 17 | 惡之波動 | 6號道路 |
| 星期一 |  海豹球 | 19 | 水流環 | 7號道路 |
| 星期二 |  勒克貓 | 20 | 怪異電波 | 8號道路 |
| 星期三 |  獨劍鞘 | 23 | 同命 | 阿卡拉島郊外 |
| 星期四 |  百足蜈蚣 | 14 | 毒菱 | 4號道路 |
| 星期五 |  喇叭芽 | 16 | 酸液炸彈 | 5號道路 |
| 星期六 |  瑪力露 | 17 | 水流噴射 | 潺潺之丘 |
烏拉烏拉島
| 日子 | Pokémon | 等級 | 技能 | 位置 |
|---|---|---|---|---|
| 星期日 |  鐵甲犀牛 | 30 | 火箭頭錘 | 火特力山 |
| 星期一 |  小山豬 | 31 | 冷凍乾燥 | 卡璞村 |
| 星期二 |  雙卵細胞球 | 33 | 黑夜魔影 | 16號道路 |
| 星期三 |  毒薔薇 | 34 | 飛葉風暴 | 烏拉烏拉花園 |
| 星期四 |  姆克鳥 | 27 | 羽棲 | 10號道路 |
| 星期五 |  過動猿 | 27 | 臂錘 | 11號道路 |
| 星期六 |  牙牙 | 28 | 鐵尾 | 輝克拉尼山 |
波尼島
| 日子 | Pokémon | 等級 | 技能 | 位置 |
|---|---|---|---|---|
| 星期日 |  麻麻鰻魚王 | 55 | (沒有) | 波尼樹林 |
| 星期一 |  修建老匠 | 57 | 吸取拳 | 波尼曠野 |
| 星期二 |  波克基斯 | 59 | 預知未來 | 波尼險路 |
| 星期三 |  保母蟲 | 57 | 搶先一步 | 波尼花園 |
| 星期四 |  君主蛇 | 43 | 大蛇瞪眼 | 椰蛋樹島 |
| 星期五 |  大劍鬼 | 43 | 鹽水 | 波尼原野 |
| 星期六 |  炎武王 | 43 | 蠻力 | 波尼古道 |